הרמב"ם גילה את עומק ענין הקרבנות אך הסתיר את הסוד בשיטת הסתירות וההפכים. כשהגיע זמן הגאולה הוציא הרב קוק את הסוד לאור
השיעור השבועי של הרב יצחק חי זאגא בבית הרב קוק, אור לד' ניסן תשפ"א
א. ויקרא א' – דבר אל בני ישראל ואמרת אלהם אדם כי יקריב מכם קרבן לה' מן הבהמה מן הבקר ומן הצאן תקריבו את קרבנכם. ר' חיים פלטיאל - מכם בגימ' מאה, מלמד שכל האומר מאה ברכות בכל יום הרי הוא יותר מקובל משהקריב מן הבהמה והבקר. ספורנו - מכם. כי יקריב מעצמכם בוידוי דברים והכנעה על דרך ונשלמה פרים שפתינו, וכאמרו זבחי אלהים רוח נשברה (תהלים נא, יט), כי אין חפץ בכסילים המקריבים בלתי הכנעה קודמת..
ב. הושע יד' - קחו עמכם דברים ושובו אל ה' אמרו אליו כל תשא עון וקח טוב ונשלמה פרים שפתינו. רד"ק - במקום פרים נשלמה לפניך וידוי שפתינו, כי אתה רוצה בדברי תשובה יותר, כי אין הקרבנות מועילות בלא וידוי העון, כי בכלם נאמר והתודה אשר חטא ובשעיר המשתלח לא היה אלא וידוי דברים כי לא היה קרב ממנו דבר על גבי המזבח אלא הוידוי כמו שנאמר והתודה עליו את כל עונות בני ישראל וגומר. ישעיהו א' - למה לי רב זבחיכם יאמר ה' שבעתי עלות אילים וחלב מריאים ודם פרים וכבשים ועתודים לא חפצתי. כי תבאו לראות פני מי בקש זאת מידכם רמס חצרי. שמואל א' טו' - ויאמר שמואל החפץ לה' בעלות וזבחים כשמע בקול ה' הנה שמע מזבח טוב, להקשיב מחלב אילים.
ג. מורה נבוכים ג' לב' – והיה הנוהג המפורסם בעולם.. הקרבת מיני בעלי החיים באותן ההיכלות שמעמידים בהן הצורות.. לפיכך לא חייבה חכמתו יתעלה.. שיצווה אותנו בעזיבת כל העבודות הללו.. לפי שזה היה אז מה שלא יתכן לקבלו לפי טבע האדם, שהוא נינוח תמיד במורגל.. ולפיכך הניח יתעלה אותם מיני העבודות והעבירם מהיותם לנבראים.. וציוונו לעשותם לו יתעלה.. ומחמת הענין הזה.. רבתה בספרי הנביאים התוכחת לבני אדם על להיטותם לקרבנות, וביאר להם שאינן המטרה החשובה כשלעצמן.. רמב"ם מעילה פ"ח - ראוי לאדם להתבונן במשפטי התורה הקדושה.. ודבר שלא ימצא לו טעם.. אל יהי קל בעיניו ולא יהרוס לעלות אל ה' פן יפרוץ בו ולא תהא מחשבתו בו כמחשבתו בשאר דברי החול.. וכל הקרבנות כולן מכלל החוקים הן, אמרו חכמים שבשביל עבודת הקרבנות העולם עומד..
ד. קובץ א' קמד' - בית המקדש, בתור מרכז הרוחני של האומה, ומקור החיים הרוחניים של כל יחיד ממנה, מצד החזיון המורגש המרהיב עין ביפיו ומנשא את הרעיון בעזוז איומו, צריך הוא להבנות ברוח בכל יום אצל כל יחיד מישראל, כדי להשאיב את נפשו במלא חייה בתוכיות האומה במצבה השלם. אז ישובו להיחיד כחותיו הנפשיים הרעננים, שחיי האמונה, וחום ההרגש ואורו, פורחים בהם בפרחי חמד, של שלל צבעים נחמדים למאד. תעודה זו מתכוננת בפועל ע"י סדר היום של הקרבנות, הנאמרים לפני התפלה.. זורעים הם את הגודל הא-להי שבבית הגדול והקדוש במעמקי הנשמה, קרוב למדת השיגוב שהיתה לכל יחיד בעת היות האומה חיה, ומקדשה בתוכה על אדמתה. גרעיני התשוקה אל השלמתה של האומה בתכונתה הרוחנית, הולכים הם ועושים את פירותיהם על תלמי הלב.. וכנסת ישראל נבנית ברוח בנין איתן בכחה לא-להים, אשר יתן לה עצמה, מצד ההוד הנצחי האצור בסגולת מאוייה, יותר מהמון בנינים חמריים ומוסדות לאומיים של חול, המאמצים כח כל לאום אשר רק על בשרו וחילו הגשמי יחיה.
ה. קובץ ב' כ' - עבודת א-להים על ידי קרבנות, היא עבודה מתקבלת אל הדמיון ההמוני הגס, ודוקא בזה מונחת נקודת גבהה. זה הדמיון אוצר בקרבו את ההארה היותר עליונה, כמו שאהבת החיים, קישור המשפחה, וכיוצא ברתוקי החיים, הינם אמיצים בדמיון ההמון, והביקורת באה ומחלשת אותם, עד שתבוא ההכרה העליונה ותשיב להדמיון ההמוני את רכושו, מזוקק ומוצדק בצדק נצחוני. הצפיה לבנין המקדש ולעבודת הקרבנות היא השאיפה היותר אצילית ויותר עליונה מכל מה שכל רוח עדין וכל נשמה שירית עליונה יכולה לצייר. עילוי החיים בפועל, עילוי העולמים, התקשרות כל החיים באור חי העולמים, בחיים הא-להיים ההולכים ושופעים, המחיים כל חי, השולחים אורם מרום גובהם עד שפל תחתיות ארץ, המתפשטים על אדם ועל בהמה יחד. וכל האדם וכל החי אחוז הוא בחוברת, נפש הבהמה בנפש האדם היא קשורה. כשמשתחררת נפש הבהמה מאסור גויתה על ידי המחשבה האנושית, בקרבן לד', מתאחדת היא עם רוחניות מחשבה אצילית, מרוממת עמה סכום עליון ועשיר מאד מכחות החיים, והעולם מתנועע למעלה למעלה. אין העילוי מורגש כי אם לחוזי קודש, ולהרגשת ההמון התמימה. עילויי חיים סגוליים אחודיים אלו, צריכים להיות קשורים עם שלטון ממלכת עולם כזאת, ששאיפת אחדות כל היקום, בהכרה וברגש, בהלך חיים ובנטיות הנפש האנושית, היא מגמתה. וזאת היא מגמת נשמת ישראל, שורש התגלות הא-להות והרצון של אחדות ההויה בעולם, בהקף כללותו היותר עליונה. נטיית אחדות העולמים זה עם זה, על ידי משך שטף אור הא-להות, על ידי התאחדות באור הא-להי במקורו, עם תשוקת שאיפת כל הטוב, הזמני והנצחי האידיאלי, דוקא על ידי התכנית הרדיקלית הזאת, על ידי הכשר החיים היותר עליון הלזה, הנותן עוז לגיבורים, נבואה לנביאים, רוח קודש לבעלי הופעה, שירה לשרים, הוד מלכות למלכים ועצמה לגיבורים, אור חיים לכל יצור ועדנה לכל ציץ, קיום ועמדה לכל דומם, וערות רוח לכל רוח מוגלם ומופשט - זאת היא תשוקת האומה, אשר אור ד' הוא מנת חבלה, שהיא קשורה בעונג האהבה הרוחנית של דעת א-להים, א-להי עולם,
א-להים אמת, בחיים העולמיים והיחידיים, הלאומיים והאישיים, ומקדשה בית תפילה מוכרח להיות לכל העמים..
ו. אורות התחיה לה' - כל מה שמקיף את המציאות בכל הדרגותיה, בהשפעה רוחנית מוסרית וקדושה, צריך לטהרה יותר גדולה. המקדש וקדשיו כוללים את רוממות אצילות ההשכלה ואת תחתית טהרת הדם הבשר, הדמיון והרגש, ובשביל אלה השלבים התחתיים, המקושרים לכללות הכל באגוד חי, נדרשת היא הטהרה המדויקת.. בכל מקום שהגבורה העממית הישראלית מתגברת, מיד מוכרחת לבא תגבורת הטהרה הבשרית והרגשית.. וכל אלה הנם מכינים בסיס למעמד חי אורגני, הכולל את התחיה כולה, מראשית ההפשטה העליונה עד אחרית עליזת החיים ורעם גבורתם. "ונתתי צבי בארץ חיים".